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商業科と工業科など受検者が多い場合には資格試験に向けた学習会を開催しています。また、可能な限り個別指導を行いながら、皆さんの目標実現をサポートします。
〇普通科：漢字検定、数学検定、実用英語技能検定、GTEC、技術英語検定など
〇商業科：【全国商業高等学校協会主催】珠算・電卓実務検定、簿記実務検定、ビジネス文書実務検定、情報処理検定、商業経済検定、英語検定など
〇機械科：【技能検定】機械検査３級、機械加工（普通旋盤）２級・３級、危険物取扱者（乙種）、【全国工業高等学校長協会主催】計算技術検定、基礎製図検定、機械製図検定、リスニング英語検定など
〇電気コース：第一種電気工事士、第二種電気工事士、工事担任者DD種、工事担任者AI種、危険物取扱者（乙種）など、【全国工業高等学校長協会主催】計算技術検定、情報技術検定、リスニング英語検定など
〇建築コース：２級建築施工管理技術検定、【技能検定】建築大工、福祉住環境コーディネーター３級、トレース技能検定３級【全国工業高等学校長協会主催】計算技術検定、初級CAD検定、パソコン利用技術検定、グラフィックデザイン検定、リスニング英語検定など
上記は主な資格です。資格取得の際には、各科の枠を超えた指導体制をとっていますので、専門科目以外の資格に挑戦する生徒もいます。（例：機械科生徒が第二種電気工事士を取得したり、商業科や工業科の生徒が漢字検定や実用英語技能検定を受検することもあります。

水俣高校名物のＥＴ（English Talking Time)という英会話演習を授業の最初に行ったり、常勤のＡＬＴによる授業を受けたり、４技能（５領域）の育成を目指した授業を展開しています。習熟度や進路希望に応じた少人数授業を実施しながら、各自の進路目標を達成するための課題・確認テスト・パフォーマンステストにも取り組んでいます。

令和元年度は64.3％でした。（１８名／２８名）※全て現役

公安系公務員では、水俣芦北広域消防組合消防士、熊本市消防局、東京消防庁、自衛隊（陸・海・空）、海上保安学校、警視庁などに合格実績があります。

朝課外は、授業がある日の7:30～8:15の45分間実施されます。

試験前１週間・学校行事があるとき以外は実施されます。

普通科では、進路希望に応じて受講希望をとっており、現在は全員受講しています。

２年生までは国語・数学・英語の３教科を受講し、３年生になると理科・社会が追加されます。

日頃の授業の補足的な内容を学習したり、また発展的な内容を扱うこともあります。

英語科では英検対策をすることもあります。

商業科や工業科では、同じ時間帯で、主に各種資格・検定試験に向けた学習会を実施しています。