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商業科と工業科など受検者が多い場合には資格試験に向けた学習会を開催しています。また、可能な限り個別指導を行いながら、皆さんの目標実現をサポートします。
〇普通科：漢字検定、数学検定、実用英語技能検定、GTEC、技術英語検定など
〇商業科：【全国商業高等学校協会主催】珠算・電卓実務検定、簿記実務検定、ビジネス文書実務検定、情報処理検定、商業経済検定、英語検定など
〇機械科：【技能検定】機械検査３級、機械加工（普通旋盤）２級・３級、危険物取扱者（乙種）、【全国工業高等学校長協会主催】計算技術検定、基礎製図検定、機械製図検定、リスニング英語検定など
〇電気コース：第一種電気工事士、第二種電気工事士、工事担任者DD種、工事担任者AI種、危険物取扱者（乙種）など、【全国工業高等学校長協会主催】計算技術検定、情報技術検定、リスニング英語検定など
〇建築コース：２級建築施工管理技術検定、【技能検定】建築大工、福祉住環境コーディネーター３級、トレース技能検定３級【全国工業高等学校長協会主催】計算技術検定、初級CAD検定、パソコン利用技術検定、グラフィックデザイン検定、リスニング英語検定など
上記は主な資格です。資格取得の際には、各科の枠を超えた指導体制をとっていますので、専門科目以外の資格に挑戦する生徒もいます。（例：機械科生徒が第二種電気工事士を取得したり、商業科や工業科の生徒が漢字検定や実用英語技能検定を受検することもあります。

水俣高校名物のＥＴ（English Talking Time)という英会話演習を授業の最初に行ったり、常勤のＡＬＴによる授業を受けたり、４技能（５領域）の育成を目指した授業を展開しています。習熟度や進路希望に応じた少人数授業を実施しながら、各自の進路目標を達成するための課題・確認テスト・パフォーマンステストにも取り組んでいます。

令和元年度は64.3％でした。（１８名／２８名）※全て現役

公安系公務員では、水俣芦北広域消防組合消防士、熊本市消防局、東京消防庁、自衛隊（陸・海・空）、海上保安学校、警視庁などに合格実績があります。

朝課外は、授業がある日の7:30～8:15の45分間実施されます。

試験前１週間・学校行事があるとき以外は実施されます。

普通科では、進路希望に応じて受講希望をとっており、現在は全員受講しています。

２年生までは国語・数学・英語の３教科を受講し、３年生になると理科・社会が追加されます。

日頃の授業の補足的な内容を学習したり、また発展的な内容を扱うこともあります。

英語科では英検対策をすることもあります。

商業科や工業科では、同じ時間帯で、主に各種資格・検定試験に向けた学習会を実施しています。

普通科は３学年ともに７月、１１月、１月に記述模試。２年次に９月と２月にマーク模試。特進コース３年生は大学入学共通テストに向けた模試が２学期～１月にかけて実施されます。

「校訓『自律・敬愛・創造』のもと、文武両道の教育をとおして知・徳・体の調和がとれ、自ら考え、学び、夢に向かって真摯に行動する力を備えたグローバルリーダーの育成を目指す。」という本校の教育目標が最終目標となりますが、どの科でも、生徒の希望する進路を保証することを大切に指導しています。
各科の特徴や学習内容はホームページの各科紹介についてを参照してみてください。

金融機関、一般企業事務、販売・接客業へ就職しています。その他、商業科向け特別推薦制度を利用して商学部や経済学部などへの進学や、保育系学部への進学を経てから新たに進路を切り開く生徒もいます。また、総合高校としての強みを活かして、製造業への就職実績も近年増加しています。

商業科と工業科は毎日５０分の６時間授業です。火曜日と木曜日には検定試験対策を行うことが多いです。国社数理英の５教科や保健体育、芸術や家庭の授業も履修します。また、機械科専門の授業として、工業技術基礎や機械設計、原動機といった自動車やロボットなどの理論を学習し、実習や製図でものづくりをすることで技術を身につけます。３年生になると、グループごとに研究テーマを設定して１年間かけてものづくりの経験を積む課題研究という授業もあります。2019年には研究文・作文コンクールにおいて日本一になりました。

各学年１クラスです。（４０名定員）