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多様な連携機関（地域連携・高大連携・産学官連携）
本校から国内の大学に限らず，毎年，海外の大学に進学する生徒もおり，特に，海外に世界最難関と言われるアメリカのミネルバ大学に本校から輩出できました。グローバル化が進む今日，本校でもキャリア形成に必要な世界レベルの研究者や地域とのネットワークの構築に御協力をいただいている機関の方々のおかげと実感しております。大変感謝申し上げます。
■本校と継続的な連携をしていただいている機関（詳細）
（順不同）
睡眠教育関連の連携機関（本校はウトウトタイムなど睡眠教育の推進を図っています）＜SSH外部連携＞
・国際統合睡眠医科学研究機構IIIS（つくば） ※世界トップレベル研究拠点プログラム（WPI）採択機関
・社会医療法人芳和会くわみず病院（熊本市）
科学部MRI班との連携機関
・熊本大学大学院生命科学研究部 米田准教授
・熊本中央病院
土木工学＆アート（ペーパーブリッジコンテスト）の連携機関＜STEAM教育の実践＞
・社団法人 ツタワルドボク（福岡市）
・大学（熊本大学，九州工業大学，九州大学）
・平田機工株式会社
・エーザイ生科研
・カネリョウ海藻株式会社
・保健環境科学研究所
・メルシャン八代工場
・JNC(株)水俣製造所
・熊本県水産研究センター
・KMバイオロジクス株式会社
・三菱ケミカル株式会社
・筑波宇宙センター
・物質材料研究機構
・高エネルギー加速器研究機構
・建築研究所
・理化学研究所
・国際農林水産業研究センター
・筑波実験植物園
・防災科学技術研究所
里山の連携機関
・五色山ふれあい会（宇土市上松山地区）
宇土中 無人島サバイバル体験（８月上旬）
・宇土市，天草市御所野浦町，阿蘇広域消防本部山岳救助隊，釣りインストラクター 他