この校章は、小国の「小」をあらわすとともに、阿蘇をバックにすくすく育つ「杉」がデザインされています。また、全体を包むように描かれた円は、保護者、悠愛、学校の協力をあらわすとともに、太陽をあらわし、明るく健やかに育ってほしいという願いがこめられています。デザインの色は円がオレンジ、小の中心は緑、両端は青で構成しています。